Η νεκρόπολη Μακρονήσου που αποτελεί κατάλοιπο της Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου μαρτυρεί την ύπαρξη στην περιοχή ενός αρχαίου οικισμού. Κάπου εξάλλου στην περιοχή της Αγίας Νάπας ,σύμφωνα με ιστορικές πηγές, είχε αναπτυχθεί ο αρχαίος οικισμός των Θρόνων.
Δυτικά της Αγίας Νάπας, σε μια βραχώδη περιοχή, έπειτα από αρχαιολογικές ανασκαφές, έχουν ανευρεθεί 19 τάφοι λαξευμένοι σε βράχο. Η περιοχή στην οποία ανευρέθηκαν οι τάφοι φέρει το όνομα Μακρόνησος. Πιστεύεται ότι η συγκεκριμένη περιοχή, κατά τους αρχαιοτάτους χρόνους, αποτελούσε νησάκι, μέχρι εωσότου ενώθηκε με την ακτή. Είναι ένα σημείο που το έδαφος, εάν το δεις από ψηλά, θυμίζει ουρά ψαριού. Εδώ λοιπόν βρίσκεται και η Νεκρόπολη.
Το νεκροταφείο που αποτελεί κατάλοιπο της Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου μαρτυρεί την ύπαρξη στην περιοχή ενός αρχαίου οικισμού. Κάπου εξάλλου στην περιοχή της Αγίας Νάπας ,σύμφωνα με ιστορικές πηγές, είχε αναπτυχθεί ο αρχαίος οικισμός των Θρόνων, όπως και άλλοι μικρότεροι οικισμοί, οι οποίοι συνέχισαν να υπάρχουν μέχρι και την παλαιοχριστιανική περίοδο, για να εγκαταλειφθούν τελικά κατά τον 7ο αιώνα με τις αραβικές επιδρομές.
Οι τάφοι που ανευρέθηκαν στην Νεκρόπολη της Μακρονήσου είναι σχεδόν πανομοιότυποι. Ο κάθε τάφος έχει ένα μικρό λαξευτό δρόμο με σκαλιά, που οδηγεί προς τα κάτω σε μια ορθογώνια είσοδο, σε ελαφρά χαμηλότερο επίπεδο από το δρόμο. Οι είσοδοι έκλειναν με μία μεγάλη πλάκα ή δύο μικρότερες πλάκες. Οι τάφοι φαίνεται να έχουν χρησιμοποιηθεί για περισσότερες από μία ταφές, καθώς αρκετοί από αυτούς παρουσιάζονται να είχαν χώρο μέχρι και για πέντε ταφές.
Οι νεκροί ήταν τοποθετημένοι σε πήλινες σαρκοφάγους καλυμμένες με τρία επίπεδα πλακάκια. Καθώς η αρχιτεκτονική των τάφων είναι πανομοιότυπη δεν φανερώνεται η ύπαρξη ταξικής διαφοροποίησης ανάμεσα στους νεκρούς, αλλά αυτό ίσως να μαρτυρείται από τα κτερίσματα και τη χρήση πήλινων σαρκοφάγων που άλλοτε ήταν εγχώρια και άλλοτε εισηγμένα.
Παράλληλα η κεραμική που βρέθηκε στους τάφους μαζί με τη μελέτη των πήλινων σαρκοφάγων υποδηλώνουν τις εμπορικές σχέσεις της Κύπρου με τον έξω κόσμο και κυρίως με τις χώρες της Ανατολικής Μεσογείου. Άλλωστε η ταφική αρχιτεκτονική, τα πυρά καύσης των νεκρών, που βρέθηκαν στην επιφάνεια των δρόμων, αποδεικνύουν την επίδραση των ελληνικών ταφικών εθίμων στο νησί. Αντίστοιχα ταφικά έθιμα εντοπίστηκαν και σε άλλες νεκροπόλεις της Κύπρου, όπως αυτές της Σαλαμίνας και της Πάφου.
Πλησίον του αρχαιολογικού χώρου της Μακρονήσου βρέθηκαν επίσης τα κατάλοιπα ενός μικρού αρχαίου ιερού, το οποίο χρονολογείται την Κυπροκλασσική και την Ελληνιστική περίοδο.
Παρόλο που κάποιοι από τους τάφους στην Νεκρόπολη της Μακρονήσου έχουν συληθεί από τυμβωρύχους, ενώ άλλοι έπαθαν ζημιές από τη λειτουργία αρχαίου λατομείου κοντά στο νεκροταφείο, εντούτοις τα ελάχιστα σωζόμενα κτερίσματα και ευρήματα μπόρεσαν να δώσουν πληροφορίες για την ανάπτυξη οικισμών στην περιοχή. Σήμερα μια από τις σωζόμενες πήλινες σαρκοφάγους μαζί με κάποια από τα κτερίσματα εκτίθενται στο Δημοτικό Μουσείο Θάλασσα της Αγίας Νάπας.
