Έχοντας ως πλήρες όνομα το «Ιερά Βασιλική και Σταυροπηγιακή Μονή Παναγίας του Κύκκου», καθώς το μοναστήρι κτίστηκε με εντολή και δαπάνη του αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιου του Κομνηνού (Βασιλική) και επειδή στο θεμέλιο λίθο της τοποθετήθηκε σταυρός (Σταυροπηγιακή) γεγονός που σημαίνει πως το μοναστήρι είναι αυτοδιοικούμενο, η Μονή του Κύκκου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα θρησκευτικά μνημεία και πνευματικά κέντρα της Κύπρου.
Πολλές είναι οι εκδοχές που αναφέρονται στην ονομασία του μοναστηριού με επικρατέστερη την ερμηνεία που αναφέρει ότι η ονομασία Κύκκος προήλθε από ένα αυτοφυόμενο στην περιοχή θάμνο, με την ονομασία κόκκος και που ανήκει στο είδος του δρυ του κοκκοφόρου. Η λαϊκή παράδοση αναφέρει πως η ονομασία του προήλθε από το λάλημα ενός πουλιού που τριγυρνούσε στο βουνό και με το τραγούδι του προαναγγελλόταν η ίδρυση του μοναστηριού της Παναγίας.
Η Μονή του Κύκκου βρίσκεται κτισμένη στο δυτικό τμήμα της οροσειράς του Τροόδους, σε υψόμετρο 1200 περίπου μέτρων και εμπίπτει στα διοικητικά όρια της επαρχίας Λευκωσίας. Το τοπίο χαρακτηρίζεται από πλούσια άγρια βλάστηση, με βαθιές χαράδρες ιδανικό για ψυχική ηρεμία και αγαλλίαση.
Το απαρχές του μοναστηριού ξεκινά γύρω στο 1100 μ.Χ. με την αποστολή στην Κύπρο του Βυζαντινού διοικητή Μανουήλ Βουτουμίτη. Σύμφωνα με την παράδοση, στην οποία αναφέρεται και ο χρονογράφος Λεόντιος Μαχαιράς, ο Βουτομίτης σε μια από τις εξορμήσεις του για κυνήγι χάθηκε στα βουνά του Κύκκου. Αφού περιπλανήθηκε για αρκετή ώρα βρέθηκε τυχαία με τον ασκητή Ησαΐα. Ο Ησαΐας αντιμετώπισε τον δούκα με αδιαφορία, γεγονός που προκάλεσε την οργή του Βουτουμίτη, ο οποίος και χτύπησε τον γέροντα. Λίγο αργότερα όμως ο Βουτουμίτης αρρώστησε βαριά και είδε στο όνειρο του πως ο μόνος τρόπος για να ιατρευτεί ήταν να απολογηθεί στον ερημίτη Ησαΐα. Τότε έβαλε τους στρατιώτες του να ψάξουν τον ερημίτη και να του τον φέρουν μπροστά του για να του απολογηθεί. Έτσι και έγινε. Ο Βουτομίτης ζήτησε από τον Ησαΐα ταπεινή συγχώρεση,ενώ παράλληλα του υποσχέθηκε ότι θα του έδινε ό,τι του ζητούσε. Ο Ησαΐας κατόπιν οράματος ζήτησε από τον δούκα να φέρει στην Κύπρο τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας που βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη, στο παλάτι του Αλεξίου Κομνηνού. Ο δούκας παρόλο που θεωρούσε το αίτημα του ασκητή σχεδόν αδύνατο, εντούτοις ήταν πρόθυμος να το προσπαθήσει. Όταν λοιπόν ο δούκας επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη πληροφορήθηκε ότι η κόρη του αυτοκράτορα ήταν άρρωστη με την ίδια αρρώστια που και ο ίδιος είχε πριν από λίγο καιρό. Ο αυτοκράτορας με παρότρυνση του Βουτουμίτη έφερε τον ασκητή στο παλάτι με σκοπό να θεραπεύσει την κόρη του. Ο Ησαΐας με θαυμαστό τρόπο κατόρθωσε να θεραπεύσει την άρρωστη. Τότε ο αυτοκράτορας, παρόλο που ήταν διστακτικός, αποφάσισε να δώσει στον ασκητή την εικόνα της Παναγίας για να την μεταφέρει στην Κύπρο. Μάλιστα ο Αλέξιος Κομνηνός έστειλε χρήματα για να κτιστεί το μοναστήρι της Παναγίας του Κύκκου, στο οποίο τοποθετήθηκε και η εικόνα της Παναγίας, η οποία αποτελούσε έργο του αποστόλου Λουκά.
Σύμφωνα με μια άλλη παράδοση αναφέρεται πως όταν ο Ησαΐας παρέλαβε την εικόνα για να τη μεταφέρει στον Κύκκο, καθοδόν τα πεύκα του δάσους «γονάτιζαν» με ευλάβεια προς την εικόνα. Τότε η Παναγία τα ευλόγησε και τα μετέτρεψε σε εντυπωσιακά κέδρα. Άλλωστε μια από τις ομορφότερες διαδρομές προς το Μοναστήρι του Κύκκου γίνεται μέσα από την εντυπωσιακή Κοιλάδα των Κέδρων.
Ουσιαστικά λοιπόν ο Κύπριος ασκητής Ησαΐας αποτελεί τον θεμελιωτή του μοναστηριού του Κύκκου και ο συγγραφέας του πρώτου Τυπικού του μοναστηριού, δηλαδή των κανόνων που διέπουν τη ζωή των μοναχών.
Το Μοναστήρι του Κύκκου καταστράφηκε δυο φορές στην πορεία της ιστορίας του από πυρκαγιά, μία το 1365 και μία το 1541. Από τις δυο αυτές καταστροφικές πυρκαγιές διασώθηκε μόνο η εικόνα της Παναγίας. Μεγάλος υπήρξε ο ρόλος του μοναστηριού κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας με πλούσια εκπαιδευτική και πολιτιστική δραστηριότητα, καθώς στους χώρους του λειτουργούσε σχολείο, εκδίδονταν βιβλία και καλλιεργήθηκαν η τέχνη της ξυλογλυπτικής, και της αγιογραφίας. Η συγκεκριμένη περίοδος υπήρξε όμως και μια σκοτεινή περίοδος για τη Μονή, καθώς δεν ήταν λίγες οι φορές που σημειώθηκαν λεηλασίες και κλοπές ιερών κειμηλίων.
Αργότερα κατά την περίοδο της αγγλοκρατίας και του ένοπλου απελευθερωτικού αγώνα του 1955-59, το μοναστήρι εφοδίαζε και ενίσχυε τους αντάρτες της ΕΟΚΑ. Με την τουρκική εισβολή του 1974 η Μονή θα δεχθεί χιλιάδες πρόσφυγες προσφέροντας τους φιλοξενία, ενώ εισέφερε μεγάλο χρηματικό ποσό για την οικονομική ενίσχυση και ανακούφιση τους. Σήμερα το μοναστήρι αποτελεί το πλουσιότερο σε λειτουργία μοναστήρι της Κύπρου έχοντας στην κατοχή του τεράστιες εκτάσεις γης σε όλη την Κύπρο, οικοδομήματα και μετόχια. Μεγάλος εξακολουθεί να είναι ο ρόλος του μοναστηριού στον τομέα τους πολιτισμού με την ίδρυση του Κέντρου Μελετών της Ιεράς Μονής Κύκκου, του Κέντρου Θησαυρού της Κυπριακής Ελληνικής, του Εργαστηρίου Συντήρησης χειρογράφων, παλαιτύπων, εικόνων και αμφίων και τη λειτουργία μουσείου. Στο Μουσείο εκτίθενται εκκλησιαστικά είδη, όπως εικόνες, άμφια, βιβλία και χειρόγραφα που υπήρχαν στη Μονή.
Η Μονή της Παναγίας του Κύκκου οικοδομήθηκε σε διάφορες φάσεις και περιόδους. Το καθολικό της Μονής κτίστηκε αρκετές φορές εκ βάθρων εξαιτίας της καταστροφής του από πυρκαγιές. Η σημερινή του μορφή είναι ρυθμού βασιλικής με τρούλο. Το μεσαίο κλίτος είναι αφιερωμένο στην Παναγία , το δεξιό στους Αγίους Πάντες και το αριστερό στους Αρχαγγέλους Γαβριήλ και Μιχαήλ. Το τέμπλο κατασκευάστηκε, σύμφωνα με σχετική επιγραφή το 1755 και αποτελείται από εξαίρετες εικόνες βυζαντινής τεχνοτροπίας. Η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας βρίσκεται στο μέσο του εικονοστασίου, αριστερά της ωραίας Πύλης.
Το μοναστήρι εορτάζει στις 15 Αυγούστου και στις 8 Σεπτεμβρίου, όπου τη Μονή κατακλύζουν χιλιάδες προσκυνητές από την Κύπρο και το εξωτερικό για να προσκυνήσουν τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Κυκκώτισσας. Η Αγία Εικόνα είναι γνωστή και ως Παναγία η Ελεούσα και παρουσιάζει την Παναγία να βαστάζει με το δεξί της χέρι το Χριστό. Η εικόνα είναι καλυμμένη με αργυροεπίχρυση επένδυση.
Βορειοδυτικά της Μονής του Κύκκου, σε μια βουνοκορφή με την επωνυμία Θρονί, βρίσκεται ο τάφος και το άγαλμα του πρώτου προέδρου της Κυπριακής Δημοκρατίας, Αρχιεπισκόπου Μακαρίου του Γ’, ο οποίος υπήρξε μέλος της αδελφότητας της Ιεράς Μονής Κύκκου.
